天涯孤独で、ミカンを通じてシンオウに飛び立ったカケルは、ナギサシティジムリーダーのデンジに育てられ、ポケモンバトルのイロハを学ぶ。 無事10歳になったカケルは、まだ見ぬ地を求めてシンオウ地方全域へと旅立つ。 ポケモンや人との出会い、別れ。ライバルとのバトルや新生組織への対抗とともに、少年は成長し、伝説へとなっていく…。