ここは、ポケモンたちだけが暮らす世界。
様々な自然が豊かに彩られているこの世界では、人間は誰ひとりおらず、あらゆるポケモンたちが独自の文明を築き上げてきた。人間が作り上げたような町並み、そこで暮らすポケモンたちの生活や営みも人間の世界と遜色なく築かれている。そのポケモンたちの間では、人間はおとぎ話に登場する存在として語り継がれている。
だが、町の外にいる多くのポケモンは野生として暮らしているものが多く、他の野生ポケモンを襲うことはもちろん、町で暮らすポケモンたちにも襲いかかることがある。
これは、そんなポケモンの世界で暮らすある1匹の少年と、人間の世界からポケモンになり、記憶を失ってやってきたという謎の少女の出会いから動き出す、運命と世界の謎を追い求める彼らが書き残した物語───