遠い地方からガラルへやってきたサナが、ひとりの少女をマスターと認めるまでの物語。
ワイルドエリア、ダイマックス、初めてのガラル地方での未知の旅が始まる――!
ポケモン世界の闇。過去より連なる黄金の意思――現れる謎の男、きんのたまおじさん。
彼の口から語られるポケモンシリーズを跨いだ、スケールの大きな計画!
サナとマスターは、バウのジムリーダー・ルリナと共にガラル東海に出現した幽霊船の謎に挑む。
倒壊した船内に漂う気配は死霊か別の何者か――果たして幽霊船の正体は!?
サナたちの乗った列車がトレインジャックに遭う。犯人は脱獄不可能と言われたガラル収容所の囚人。
「待たせたな」伝説の傭兵も参戦し、強奪犯からガラルに治安を取り戻せるか――!
博士たちから平行世界の存在を示唆されるサナ。似て異なる世界は本当に存在するのか。
そんな最中、ガラル鉄道に存在しない路線が現れ、バウ近海に謎の孤島が突如出現する――!
ガラルの過去へ飛んでしまったサナたち。帰る術を探す中、謎の敵に襲われる。
未来からの襲撃にサナはどう立ち向かうのか!?
数多く存在する並行世界には、系統の大きく異なる世界もあるという。
そこには複数の世界を渡り歩く、かつてのロケット団首領の影が――!
ついに姿を見せたレインボーロケット団の刺客はよく知るあの人、ダンデだった。
悪の道に落ちた異世界のダンデは、独自のバトル形式でサナたちを翻弄する――!
ダンデを狙う殺し屋の凶弾、猛る群衆……。その最中、サナのマスターは、ガラルの象徴にして頂点、ガラル王に即位する。長年不在であった王の帰還にガラル国民たちは何を感じるのか。
豊穣の王を求め、冠の雪原へ旅立ったサナたち。しかし、サナはムゲンダイ巣穴から、異世界へ迷い込む。そこはポケモンという概念のない、日本という国の大都市・東京だった!!
異世界から帰還したサナは自身の出生の真実を知り、マスターの元を離れた。しかし、マスターが難攻不落の要塞へ囚われたことを知り、ダンデと共に決死の潜入作戦を行う――!
この時代この場所に存在しないはずのパラドックスと呼ばれるポケモンが出現し、あらゆる場所で、時が止まり始めた。伝説の剣と盾を手に、サナたちは世界を襲う異変に立ち向かう!
天空の城は落ちた。世界の謎が明かされ、サナが真実の記憶を取り戻す時、最後の闘いが始まる――遂に物語は完結!