第1話 プロローグ

ある日、海岸に一匹のポケモンが倒れていた。レンという名のコリンクはそのポケモンを助けた。そのポケモンはイーブイ、名はメイというらしい。だが、メイは自分が人間だという。しかし、どう見たってその姿はイーブイだ。
　
　レンはメイと探検隊になるため、プクリンのギルドに入ってくれない？と誘った。最初はメイも迷ったが他に行く当てもないのでレンと入ることを決意する。探検隊の名前は「スター」となった。

　探検をやっているうちにメイは自分の能力に目覚める。時空の叫びと呼ばれるその能力はなんと！触れたものの過去や未来を見れるというものすごい能力だった！！

「スター」は周りのギルドのメンバーも驚くほど、強くなっていった。そして、遠征メンバーにも選ばれた。そして、きりのみずうみという場所で時の歯車を見つける。時の歯車というのは合計５つ。いろんな場所にあり、それぞれその場所の時間を守っているといわれている。もし、とってしまうとその地域の時間が止まってしまうという。

　普通、時の歯車はどんな悪党だろうと奪わない。それほどのものなのだ。しかし、最近、時が止まってしまうという事件が発生！時の歯車が何者かによって奪われてしまったのだ！！　

　ギルドはその悪党を捕まえるために全力で捜査を開始する。そしてそこに頼れるポケモンが！

　そのポケモンの名はヨノワール。最近頭角を現した探検隊で、この世に知らないものはないといわれるほどの天才である。

　ある日、きりのみずうみの時の歯車も盗まれてしまった。だが、時の歯車の番人、ユクシーによって悪党の姿と名前が判明する。その名はジュプトル。ギルドは引き続き調査をする。

　４つ目の時の歯車が奪われた。残すはあと一つ。ヨノワールの予想ですいしょうのみずうみに行くことに。ジェッターはジュプトルを追い詰めたが、戦いに破れてしまう。すぐ後にヨノワールも参戦したが、ジュプトルは時の歯車を奪わずに逃げて行った。

　そして、驚きの事実が！！ヨノワールとジュプトルは未来から来たポケモンだという。未来からこの世界に逃げてきたジュプトルを捕まえるためにヨノワールもこの世界に来たらしい。そしてもう一つ重要なことが。時の歯車をすべて奪われてしまうとすべての時の停止。つまり風もなく、太陽も上ることのないというまさに、世界の破滅が訪れてしまうという。だが、その心配は杞憂に終わった。ヨノワールの考えによりついに！ジュプトルを捕まえたのだ！！

　ジュプトルを捕まえたヨノワールはジュプトルと一緒に未来へ帰ることに。涙しながら見送るギルドのメンバー。しかしヨノワールはスターも未来に連れて行ってしまった。

　メイとレン、そしてジュプトルはヨノワールによって処刑されようとしていた。何が何だかわからないスターの二人だが、ジュプトルの考えによって無事脱出を果たす。

　そして未来の光景にジェッターの二人は唖然とする。そう、星の停止が起こっていたのだ。そしてジュプトルの口から驚きの真実が！

　なんと！時の歯車を奪わないと星の停止が起こってしまうという！！そう、ヨノワールの言ったことはまるっきりウソだったのだ！！

　「こんな未来にさせない！！」二人とジュプトルは過去に戻る決意をする。セレビィの協力もあり、あと一歩で戻れるというその時！！ヨノワールに再び追いつめられてしまう！！

　絶望的な状況で、ジュプトルは言った。「実は過去に行った奴は俺だけじゃない。もう一人いるんだ。そいつは人間で誰よりも頼れるパ－トナーだった。俺はそいつに未来を託す！！」

　だがヨノワールは言った。「そいつの名前は？」そしてジュプトルは答えた。「そいつの名は・・・メイだっ！！！」

　その言葉に驚く二人。それもそのはず。いま、ジュプトルの隣にいるのがメイだからだ。

　そして、再び追いつめられるメイ、レン、ジュプトル、セレビィ。だが、レンのとっさの判断で見事！この状況を打破し、元の世界に戻れることができた！！

　元の世界で３匹は時の歯車を集める。星の停止を防ぐには方法がたった一つだけある。それは幻の大地という場所を通り、時限の塔という場所に５つの時の歯車を収めるというものだ。

　時の歯車も集め終わり、幻の大地へ。その幻の大地も越えようとしたその時！！ヨノワールによってまたも追いつめられてしまう！！

　メイたちはヨノワールに苦戦する。だが、技を跳ね返し、とうとう！ヨノワールを倒したのであった！！

　だが、喜んでいたのもつかの間。メイがいない間にヨノワールから驚きの真実を伝えられる。それは、未来を変えてしまったものは消えてしまうというものだった。

　メイは驚いた。だが、ジュプトルは否定しない。ヨノワールの言っていることは本当なのだ。だが、それでもメイは未来を変える決意をする。

　だが、ヨノワールは最後の抵抗を見せる。なすすべもないメイたちだったが、ジュプトルが自分を犠牲にし、ヨノワールとともに未来に帰っていった。メイたちにすべてを託して・・・

　二人は時限の塔を登り切り、時の歯車を収めようとした。だがその寸前にディアルガが邪魔をする！ディアルガは星て、ディアルガは星の停止が起こりつつあるので我を忘れているのだ。

　それでも二人はディアルガを倒し、時の歯車を収めた。ディアルガも我に戻り、平和が訪れたのであった。

　時限の塔を出るとメイの体から光があふれ出した。そしてメイは、
「さようなら・・・・レン」
親友であるアラシに別れを告げ、消えていった・・・・

　事件のほとぼりが冷めたころ、レンはメイと出会った海岸に行った。そして、たくさんの思い出を思い出す。けれども今、メイはいない。もう、メイはいないのだ。

　海岸でレンは泣いていた。一番大切な親友のことを思いながら。すると、なんと！レンの目の前にメイの姿が！！

「ただいま・・・レン」
「おかえり・・・メイ！」
　そして、二人は再会を喜び合った―

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　これは、その8年後の物語＿＿