もくじ：各話あらすじ
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読了時間目安：15分
『プロローグＡ』
未来が視える少女ウェルズは、相棒のパルスと一緒に世界中を旅していた。
そして今日もまた、未来が彼女を導いていく。
『プロローグＢ』
これは、最初の事件の前触れである。
――TBI捜査ファイルNo.01 : サントアンヌ号襲撃事件――
（参照：アニメ・ポケットモンスター『第１５話 サントアンヌごうのたたかい』）
『第１話 “最初の事件”』
ウェルズはクチバシティで事件の未来を視る。
一方、チェイスは泥棒セレビィを連れてサントアンヌ号で失われた秘宝を探していた。
『第２話 “我らロケット団”』
宝玉・金剛玉が飾られている展示室で、ウェルズとチェイスは出会った。
そこへサントアンヌ号を襲ったロケット団の幹部が現れて……。
『第３話 “脱出劇”』
ロケット団に囚われたウェルズたちは、金剛玉を奪い返して脱出しなければならない。
たとえそこがロケット団の基地の中だとしても。
――TBI捜査ファイルNo.02 : グランパキャニオン崩落事件――
（参照：アニメ・ポケットモンスター『第４５話 ふっかつ！？かせきポケモン！』）
『第４話 “時間捜査局ＴＢＩ”』
無事に金剛玉を取り戻し、リースを逮捕したチェイスは未来に戻っていた。
ここは歴史を守る時間の番人が集う場所、時間捜査局ＴＢＩ。
新たにヒガナをメンバーに加え、新しい捜査に乗り出す。
『第５話 “ポケモンハンターＪ”』
意味のない未来を視たことから、ウェルズは自分の能力を疑い始める。
それでもポケモン救出のため、未来の導きに従ってポケモンハンターの飛行艇に乗り込むが……。
『第６話 “迷い子ウェルズ”』
パルスが撃たれた。
予想もしなかった出来事に、ウェルズは呆然と立ち尽くす。
だが、ポケモンハンターに捕まってしまった彼女を助けようとする者がいた。
『第７話 “自立への一歩”』
ウェルズは飛行艇に潜入していたチェイスの助けによって窮地を脱するが、頼りのパルスは怪我を負って戦うことができない。
果たしてウェルズたちはポケモンハンターに捕まったポケモンたちを助け出し、飛行艇から脱出することができるのか？
――TBI捜査ファイルNo.03 : ニューアイランド事件――
（参照：劇場版ポケットモンスター『ミュウツーの逆襲 完全版』）
『第８話 “危険な対話”』
TBIに囚われていたリースは、部門長レッドフィールドに取引を持ちかける。
対価に自由を要求し、レッドフィールドは一度は断るが、リースは余裕の笑みを浮かべていた。
一方、21世紀のトキワジムでは、アルバートがある白いポケモンと対峙する……。
『第９話 “重要参考人”』
ミルキーウェイのスパイがいることを確信したレッドフィールドは、リースとの取引を成立させて情報を引き出そうとする。
少しずつ明らかになるミルキーウェイの姿。
彼らは21世紀で起こったミュウツーの逆襲を利用して、過去にタイムトラベルしようと考えていたのだ。
『第１０話 “動き出した運命”』
リースの導きによって、レッドフィールドはオルアースの森にあるミルキーウェイの隠れ家を発見する。
過去に向かうミルキーウェイたちを阻止すべく、レッドフィールドは単独で奇襲攻撃を仕掛けるが、その裏でリースも何かを企んでいた。
『第１１話 “Welcome to 21st century”』
レッドフィールドの奮闘むなしく、ミルキーウェイは続々と２１世紀に向かってしまった。
そして渦中の２１世紀では、かの有名な時間犯罪者コーダイが自身の未来予知に従って彼らを待ち受けていた。
コーダイに捕らわれるリース。
ミルキーウェイとコーダイが出会い、タイムラインの危機は加速していく……。
――TBI捜査ファイルNo.04 : ニャビーの足跡――
（参照なし）
『第１２話 “吾輩はニャビーである”』
ふたつの時代で進む物語。
２２世紀：ある日トレーナーからいきなり別れを告げられて、ニャビーは独りぼっちになってしまった。一匹で生きていくことを決心したニャビーは、森の中である巨大なポケモンと出会う。それが彼の運命の始まりだった。
２１世紀：ウェルズとチェイスはチームを組んで、未来視能力を駆使して自警団のような活動をしながら、能力の謎を追っていた。ある日、ウェルズは未来視でニャビーの姿を目撃する……。
『第１３話 “資産”』
２２世紀：大きなポケモンを見捨てることができず、ニャビーは足しげく通って食べ物を分ける。一方で大きなポケモンはそれを疎ましく思っていた。将来、そのニャビーが自分の「資産」となることも知らずに……。
２１世紀：パルスに乗って、チームは爆発現場の森へと急ぐ。そこにはきっとニャビーがいるはずだ。しかし一足先にポケモンハンターがニャビーを捕まえ、逃走してしまう。そのとき、チェイスはニャビーがタイムトラベラーであることに気づく。
『第１４話 “ブラックムーン”』
２２世紀：長く過ごすうちに、巨大なポケモンとニャビーとの間には絆が生まれつつあった。巨大なポケモンことディアルガが少なからずニャビーに親近感を抱き始めた矢先、ディアルガを狙う人間が現れて……。
２１世紀：あるレストランの厨房で、ロケット団幹部のアルバートはポケモンハンター組織「ブラックムーン」のリーダーと話す。アルバートは手土産にニャビーを受け取り、賞金首であるウェルズと引き換えにブラックムーンと専属契約を結ぶことを約束する。一方、チェイスは安全のためにウェルズを残してニャビー奪還に向けて動き出す。
『第１５話 “アルバートの罠”』
ニャビーを助けるため、チェイスは単身でブラックムーンのアジトに奇襲をしかける。不意打ち、陽動、そして未来の兵器を駆使して次々とブラックムーンのメンバーを仕留めるが、既にニャビーはロケット団に渡された後だった。
事実を知った頃には時既に遅く、チェイスの行動を読んでいたロケット団が建物の周りを取り囲んでいた……。
『第１６話 “友達との約束”』
２２世紀のニャビーが２１世紀に来た理由、それは友達であるディアルガの頼みを聞いて、ウェルズを側で見守る役目を担うためだった。
ウェルズの機転で窮地を脱し、チェイスたちはニャビーを助け出すことに成功する。ニャビーの秘密は、彼の胸に秘めたまま……。
一方、アルバートが警察に逮捕されたことで、チェイスは新たな危機を予感していた。
――TBI捜査ファイルNo.05 : ロケット団抗争事件――
（参照：劇場版ポケットモンスター『セレビィ 時を超えた遭遇』）
『第１７話 “仮面のビシャス”』
ディアルガの仲間であるリースに、コーダイはビジネスマンとして取引を持ちかける。
一方、ついにアルバートをロケット団幹部の座から突き落とすことに成功したビシャスは、「ある物」を探すためにアルバートを刑務所から誘拐する。
『第１８話 “来た、見た、勝った”』
金剛玉を手にいれるため、アルバートがサントアンヌ号から盗んだまま持っていると考えているビシャスは、アルバートを拷問する。
最初は余裕の態度を見せていたアルバートも、相棒であるセツナを責められて、ついに負けを認めた。
このままではアルバートが死に、未来が変わってしまう。
協力を拒んだウェルズを置いて、チェイスは救出に向けて動き出すが……。
『第１９話 “ささやかな復讐”』
アルバートから金剛玉のありかを聞き出し、ビシャスは部下を連れて隠し場所へと向かった。
しかし、それは自らの最期を覚悟したアルバートの命懸けの罠だった。
これで終わりだ。
そう思っていたアルバートだったが、ビシャスに「奥の手」を突きつけられた途端、状況が一変してしまう。
『第２０話 “ALL-IN”』
安全のため、我が子のため、ずっとひた隠しにしてきた愛娘アニスを人質に取られてしまった。
アルバートの懇願も虚しくアニスの処刑が決行される。
己の無力さに涙を流すアルバートだったが、銃声に続いて聞こえてきた声が思いがけず彼に生きる希望を与えた。
いよいよアルバートとセツナの逆転劇が幕を開ける！
『第２１話 “対話”』
ロケット団を抜けて、アルバートは因縁に決着をつけるため、隠れ家でチェイスと穏やかに勝負をする。
もはや互いに敵ではないことを確かめられて、アルバートは満足するのだった。
一方、リースとコーダイの話し合いも決着がつこうとしていた。
――TBI捜査ファイルNo.06 : 時間犯罪組織ミルキーウェイ――
（参照なし）
『第２２話 “ミルキーウェイ”』
チェイスとパルスがロケット団の事件解決に奔走している間に、ミルキーウェイのリーダー・シリウスがウェルズを誘拐する。
連れて行かれた先は、アローラ地方のエーテル・パラダイス。
ウェルズはここでミルキーウェイの一員であり、自分と同じく未来視能力を持つ女性フィオナと出会う。
『第２３話 “神々”』
フィオナはウェルズにミルキーウェイの目的を語る。それはフィオナにとって、ディアルガによって歴史から消されてしまった家族を取り返すための戦いでもあった。
彼女に同情したウェルズは、未来視能力を捨てるためにミルキーウェイと協力することを決意する。
しかしその夜、眠りについたウェルズはディアルガの夢を見て……。
『第２４話 “目は開かれた”』
飛び起きたウェルズを迎えたのは、なんと時間犯罪者セレビィことリースだった！
リースから語られるミルキーウェイの真の目的を聞かされても、ウェルズは信じようとしない。
しかし言い合いの最中、エーテル財団を引き連れたフィオナが現れて、ウェルズとリースの抹殺を図る。
ニャビーが金剛玉の力の器になっている事が分かった以上、もはやミルキーウェイにとってウェルズは用済みになったのだ……。
『第２５話 “ウェルズの答え”』
ウェルズとニャビーを追い詰めるミルキーウェイの前に、正義の味方が立ちはだかる！
TBI捜査官のヒガナとスクーティの登場で形勢逆転、ウェルズは彼らの協力を得て脱出を図る。
しかしエレベーターに乗り込む寸前、エーテル財団の怪物が彼女たちに襲いかかる。
『第２６話 “タイプ：フル”』
エーテルパラダイスからの脱出を試みるウェルズたちにタイプ：ヌルが牙をむく。
ミルキーウェイの科学技術を得て覚醒したタイプ：ヌルにリースとスクーティが立ち向かうが、苦戦を強いられる。
攻略の鍵は、ウェルズの未来視にかかっていた。
『第２７話 “仲間と共に”』
タイプ：ヌルの猛攻を切り抜け、ウェルズたちはエーテルパラダイスから見事に脱出を果たす。
その手助けをしてくれたのは、未来人のチェイスに加えて、あの元ロケット団幹部のアルバートだった。
敵だったアルバートたちと和解を果たす一方、TBIがウェルズに協力を要請する。
過激化するミルキーウェイに対抗するためにも、２１世紀捜査班は味方を増やす必要があったのだ。
――TBI捜査ファイルNo.07 : 古代アルトマーレ防衛戦線――
（参照：劇場版ポケットモンスター『水の都の護神 ラティアスとラティオス』）
『第２８話 “The Legend of Altomare”』
昔々、アルトマーレという島に、お爺さんとお婆さんが住んでいました。
ある日、二人は海岸で、小さな兄妹が怪我をしているのを見つけました。
二人はお爺さんとお婆さんの手厚い看護で、みるみる良くなっていきました。
しかし突然、邪悪な怪物が島に攻めてきたのです……。
『第２９話 “The Genocide”』
島はたちまち怪物に飲み込まれました。
と、その時、お爺さんとお婆さんの目の前で、兄妹の姿がみるみる変わっていきました。
二人は夢幻ポケモンのラティオスとラティアスだったのです。
二匹は空から仲間を呼び寄せました。
彼らは邪悪な闇を追い払う力を持ってきてくれました。
それは 『こころのしずく』 という宝石だったのです。
しかし、怪物を倒すことはできませんでした……。
『第３０話 “Prepare for Battle”』
ウェルズの未来視、そしてグランとレイナの夢映しによって、古代アルトマーレ国王たちとウェルズたちTBIは、古代アルトマーレが崩壊する未来を共有する。
敵は島より大きい２９世紀の巨大戦艦だ。
装備も時間も限られる状況で、果たしてアルトマーレを救うことができるのか？
『第３１話 “Flying into the Wind”』
アルトマーレ防衛戦線、第一幕。
島を崩壊に導く怪物、U-4ブラスター級の時空戦艦がついに姿を現す。
未来を知っていたTBIとアルトマーレ軍は巧みに攻撃をかわし、順調に戦局をコントロールする。
しかし敵の魔の手がTBI捜査官に襲いかかり、防衛網が崩れ始めて……。
『第３２話 “Deadline”』
アルトマーレ防衛戦線、第二幕。
形勢を逆転するには、治水装置に心の雫をセットする必要があるのだが、そのためにはラティオスたちが時空戦艦の攻撃を避けて運び届けなければならない。
敵の攻撃がさらに激しさを増すなか、グランは決死の覚悟で雫を運ぶ。
『第３３話 “Counterattack”』
アルトマーレ防衛戦線、第三幕。
ついに治水装置が起動した！
異常高潮アクア・アルトを完全にコントロールし、時空戦艦にぶつけた上で、アルトマーレ水軍の通り道を作り出すことに成功する。
相次ぐ猛攻の末に戦艦のシールドは消滅し、ラティオスたちが次々と特攻を仕掛け、ついに戦艦は撃沈するのだった。
その一方で、首謀者らしき男はまだ生き延びていた……。
『第３４話 “Dirty Heart”』
アルトマーレ防衛戦線、その最終局面。
攻撃の首謀者は、なんと平行世界のラティオスだった。
姿を隠して心の雫を盗みとったがために、まだ街の上空にある大量の海水と戦艦の残骸をコントロールしている最中だった治水装置の出力が弱まってしまった。
このままでは治水装置の動力になっているレイナの負担が限界に達するだけでなく、街は海水に飲まれ、残骸に押し潰されてしまうだろう。
ウェルズとグランは敵を追いかけ、時空間へと突入する。
すべてはレイナとアルトマーレを守るために。
『最終話 “Beyond The Destiny”』
これは特別な話ではない。
人と違うせいで孤独を歩き続けた少女が、仲間と出会い、居場所を見つける物語だ。
未来が視える少女ウェルズは、相棒のパルスと一緒に世界中を旅していた。
そして今日もまた、未来が彼女を導いていく。
『プロローグＢ』
これは、最初の事件の前触れである。
――TBI捜査ファイルNo.01 : サントアンヌ号襲撃事件――
（参照：アニメ・ポケットモンスター『第１５話 サントアンヌごうのたたかい』）
『第１話 “最初の事件”』
ウェルズはクチバシティで事件の未来を視る。
一方、チェイスは泥棒セレビィを連れてサントアンヌ号で失われた秘宝を探していた。
『第２話 “我らロケット団”』
宝玉・金剛玉が飾られている展示室で、ウェルズとチェイスは出会った。
そこへサントアンヌ号を襲ったロケット団の幹部が現れて……。
『第３話 “脱出劇”』
ロケット団に囚われたウェルズたちは、金剛玉を奪い返して脱出しなければならない。
たとえそこがロケット団の基地の中だとしても。
――TBI捜査ファイルNo.02 : グランパキャニオン崩落事件――
（参照：アニメ・ポケットモンスター『第４５話 ふっかつ！？かせきポケモン！』）
『第４話 “時間捜査局ＴＢＩ”』
無事に金剛玉を取り戻し、リースを逮捕したチェイスは未来に戻っていた。
ここは歴史を守る時間の番人が集う場所、時間捜査局ＴＢＩ。
新たにヒガナをメンバーに加え、新しい捜査に乗り出す。
『第５話 “ポケモンハンターＪ”』
意味のない未来を視たことから、ウェルズは自分の能力を疑い始める。
それでもポケモン救出のため、未来の導きに従ってポケモンハンターの飛行艇に乗り込むが……。
『第６話 “迷い子ウェルズ”』
パルスが撃たれた。
予想もしなかった出来事に、ウェルズは呆然と立ち尽くす。
だが、ポケモンハンターに捕まってしまった彼女を助けようとする者がいた。
『第７話 “自立への一歩”』
ウェルズは飛行艇に潜入していたチェイスの助けによって窮地を脱するが、頼りのパルスは怪我を負って戦うことができない。
果たしてウェルズたちはポケモンハンターに捕まったポケモンたちを助け出し、飛行艇から脱出することができるのか？
――TBI捜査ファイルNo.03 : ニューアイランド事件――
（参照：劇場版ポケットモンスター『ミュウツーの逆襲 完全版』）
『第８話 “危険な対話”』
TBIに囚われていたリースは、部門長レッドフィールドに取引を持ちかける。
対価に自由を要求し、レッドフィールドは一度は断るが、リースは余裕の笑みを浮かべていた。
一方、21世紀のトキワジムでは、アルバートがある白いポケモンと対峙する……。
『第９話 “重要参考人”』
ミルキーウェイのスパイがいることを確信したレッドフィールドは、リースとの取引を成立させて情報を引き出そうとする。
少しずつ明らかになるミルキーウェイの姿。
彼らは21世紀で起こったミュウツーの逆襲を利用して、過去にタイムトラベルしようと考えていたのだ。
『第１０話 “動き出した運命”』
リースの導きによって、レッドフィールドはオルアースの森にあるミルキーウェイの隠れ家を発見する。
過去に向かうミルキーウェイたちを阻止すべく、レッドフィールドは単独で奇襲攻撃を仕掛けるが、その裏でリースも何かを企んでいた。
『第１１話 “Welcome to 21st century”』
レッドフィールドの奮闘むなしく、ミルキーウェイは続々と２１世紀に向かってしまった。
そして渦中の２１世紀では、かの有名な時間犯罪者コーダイが自身の未来予知に従って彼らを待ち受けていた。
コーダイに捕らわれるリース。
ミルキーウェイとコーダイが出会い、タイムラインの危機は加速していく……。
――TBI捜査ファイルNo.04 : ニャビーの足跡――
（参照なし）
『第１２話 “吾輩はニャビーである”』
ふたつの時代で進む物語。
２２世紀：ある日トレーナーからいきなり別れを告げられて、ニャビーは独りぼっちになってしまった。一匹で生きていくことを決心したニャビーは、森の中である巨大なポケモンと出会う。それが彼の運命の始まりだった。
２１世紀：ウェルズとチェイスはチームを組んで、未来視能力を駆使して自警団のような活動をしながら、能力の謎を追っていた。ある日、ウェルズは未来視でニャビーの姿を目撃する……。
『第１３話 “資産”』
２２世紀：大きなポケモンを見捨てることができず、ニャビーは足しげく通って食べ物を分ける。一方で大きなポケモンはそれを疎ましく思っていた。将来、そのニャビーが自分の「資産」となることも知らずに……。
２１世紀：パルスに乗って、チームは爆発現場の森へと急ぐ。そこにはきっとニャビーがいるはずだ。しかし一足先にポケモンハンターがニャビーを捕まえ、逃走してしまう。そのとき、チェイスはニャビーがタイムトラベラーであることに気づく。
『第１４話 “ブラックムーン”』
２２世紀：長く過ごすうちに、巨大なポケモンとニャビーとの間には絆が生まれつつあった。巨大なポケモンことディアルガが少なからずニャビーに親近感を抱き始めた矢先、ディアルガを狙う人間が現れて……。
２１世紀：あるレストランの厨房で、ロケット団幹部のアルバートはポケモンハンター組織「ブラックムーン」のリーダーと話す。アルバートは手土産にニャビーを受け取り、賞金首であるウェルズと引き換えにブラックムーンと専属契約を結ぶことを約束する。一方、チェイスは安全のためにウェルズを残してニャビー奪還に向けて動き出す。
『第１５話 “アルバートの罠”』
ニャビーを助けるため、チェイスは単身でブラックムーンのアジトに奇襲をしかける。不意打ち、陽動、そして未来の兵器を駆使して次々とブラックムーンのメンバーを仕留めるが、既にニャビーはロケット団に渡された後だった。
事実を知った頃には時既に遅く、チェイスの行動を読んでいたロケット団が建物の周りを取り囲んでいた……。
『第１６話 “友達との約束”』
２２世紀のニャビーが２１世紀に来た理由、それは友達であるディアルガの頼みを聞いて、ウェルズを側で見守る役目を担うためだった。
ウェルズの機転で窮地を脱し、チェイスたちはニャビーを助け出すことに成功する。ニャビーの秘密は、彼の胸に秘めたまま……。
一方、アルバートが警察に逮捕されたことで、チェイスは新たな危機を予感していた。
――TBI捜査ファイルNo.05 : ロケット団抗争事件――
（参照：劇場版ポケットモンスター『セレビィ 時を超えた遭遇』）
『第１７話 “仮面のビシャス”』
ディアルガの仲間であるリースに、コーダイはビジネスマンとして取引を持ちかける。
一方、ついにアルバートをロケット団幹部の座から突き落とすことに成功したビシャスは、「ある物」を探すためにアルバートを刑務所から誘拐する。
『第１８話 “来た、見た、勝った”』
金剛玉を手にいれるため、アルバートがサントアンヌ号から盗んだまま持っていると考えているビシャスは、アルバートを拷問する。
最初は余裕の態度を見せていたアルバートも、相棒であるセツナを責められて、ついに負けを認めた。
このままではアルバートが死に、未来が変わってしまう。
協力を拒んだウェルズを置いて、チェイスは救出に向けて動き出すが……。
『第１９話 “ささやかな復讐”』
アルバートから金剛玉のありかを聞き出し、ビシャスは部下を連れて隠し場所へと向かった。
しかし、それは自らの最期を覚悟したアルバートの命懸けの罠だった。
これで終わりだ。
そう思っていたアルバートだったが、ビシャスに「奥の手」を突きつけられた途端、状況が一変してしまう。
『第２０話 “ALL-IN”』
安全のため、我が子のため、ずっとひた隠しにしてきた愛娘アニスを人質に取られてしまった。
アルバートの懇願も虚しくアニスの処刑が決行される。
己の無力さに涙を流すアルバートだったが、銃声に続いて聞こえてきた声が思いがけず彼に生きる希望を与えた。
いよいよアルバートとセツナの逆転劇が幕を開ける！
『第２１話 “対話”』
ロケット団を抜けて、アルバートは因縁に決着をつけるため、隠れ家でチェイスと穏やかに勝負をする。
もはや互いに敵ではないことを確かめられて、アルバートは満足するのだった。
一方、リースとコーダイの話し合いも決着がつこうとしていた。
――TBI捜査ファイルNo.06 : 時間犯罪組織ミルキーウェイ――
（参照なし）
『第２２話 “ミルキーウェイ”』
チェイスとパルスがロケット団の事件解決に奔走している間に、ミルキーウェイのリーダー・シリウスがウェルズを誘拐する。
連れて行かれた先は、アローラ地方のエーテル・パラダイス。
ウェルズはここでミルキーウェイの一員であり、自分と同じく未来視能力を持つ女性フィオナと出会う。
『第２３話 “神々”』
フィオナはウェルズにミルキーウェイの目的を語る。それはフィオナにとって、ディアルガによって歴史から消されてしまった家族を取り返すための戦いでもあった。
彼女に同情したウェルズは、未来視能力を捨てるためにミルキーウェイと協力することを決意する。
しかしその夜、眠りについたウェルズはディアルガの夢を見て……。
『第２４話 “目は開かれた”』
飛び起きたウェルズを迎えたのは、なんと時間犯罪者セレビィことリースだった！
リースから語られるミルキーウェイの真の目的を聞かされても、ウェルズは信じようとしない。
しかし言い合いの最中、エーテル財団を引き連れたフィオナが現れて、ウェルズとリースの抹殺を図る。
ニャビーが金剛玉の力の器になっている事が分かった以上、もはやミルキーウェイにとってウェルズは用済みになったのだ……。
『第２５話 “ウェルズの答え”』
ウェルズとニャビーを追い詰めるミルキーウェイの前に、正義の味方が立ちはだかる！
TBI捜査官のヒガナとスクーティの登場で形勢逆転、ウェルズは彼らの協力を得て脱出を図る。
しかしエレベーターに乗り込む寸前、エーテル財団の怪物が彼女たちに襲いかかる。
『第２６話 “タイプ：フル”』
エーテルパラダイスからの脱出を試みるウェルズたちにタイプ：ヌルが牙をむく。
ミルキーウェイの科学技術を得て覚醒したタイプ：ヌルにリースとスクーティが立ち向かうが、苦戦を強いられる。
攻略の鍵は、ウェルズの未来視にかかっていた。
『第２７話 “仲間と共に”』
タイプ：ヌルの猛攻を切り抜け、ウェルズたちはエーテルパラダイスから見事に脱出を果たす。
その手助けをしてくれたのは、未来人のチェイスに加えて、あの元ロケット団幹部のアルバートだった。
敵だったアルバートたちと和解を果たす一方、TBIがウェルズに協力を要請する。
過激化するミルキーウェイに対抗するためにも、２１世紀捜査班は味方を増やす必要があったのだ。
――TBI捜査ファイルNo.07 : 古代アルトマーレ防衛戦線――
（参照：劇場版ポケットモンスター『水の都の護神 ラティアスとラティオス』）
『第２８話 “The Legend of Altomare”』
昔々、アルトマーレという島に、お爺さんとお婆さんが住んでいました。
ある日、二人は海岸で、小さな兄妹が怪我をしているのを見つけました。
二人はお爺さんとお婆さんの手厚い看護で、みるみる良くなっていきました。
しかし突然、邪悪な怪物が島に攻めてきたのです……。
『第２９話 “The Genocide”』
島はたちまち怪物に飲み込まれました。
と、その時、お爺さんとお婆さんの目の前で、兄妹の姿がみるみる変わっていきました。
二人は夢幻ポケモンのラティオスとラティアスだったのです。
二匹は空から仲間を呼び寄せました。
彼らは邪悪な闇を追い払う力を持ってきてくれました。
それは 『こころのしずく』 という宝石だったのです。
しかし、怪物を倒すことはできませんでした……。
『第３０話 “Prepare for Battle”』
ウェルズの未来視、そしてグランとレイナの夢映しによって、古代アルトマーレ国王たちとウェルズたちTBIは、古代アルトマーレが崩壊する未来を共有する。
敵は島より大きい２９世紀の巨大戦艦だ。
装備も時間も限られる状況で、果たしてアルトマーレを救うことができるのか？
『第３１話 “Flying into the Wind”』
アルトマーレ防衛戦線、第一幕。
島を崩壊に導く怪物、U-4ブラスター級の時空戦艦がついに姿を現す。
未来を知っていたTBIとアルトマーレ軍は巧みに攻撃をかわし、順調に戦局をコントロールする。
しかし敵の魔の手がTBI捜査官に襲いかかり、防衛網が崩れ始めて……。
『第３２話 “Deadline”』
アルトマーレ防衛戦線、第二幕。
形勢を逆転するには、治水装置に心の雫をセットする必要があるのだが、そのためにはラティオスたちが時空戦艦の攻撃を避けて運び届けなければならない。
敵の攻撃がさらに激しさを増すなか、グランは決死の覚悟で雫を運ぶ。
『第３３話 “Counterattack”』
アルトマーレ防衛戦線、第三幕。
ついに治水装置が起動した！
異常高潮アクア・アルトを完全にコントロールし、時空戦艦にぶつけた上で、アルトマーレ水軍の通り道を作り出すことに成功する。
相次ぐ猛攻の末に戦艦のシールドは消滅し、ラティオスたちが次々と特攻を仕掛け、ついに戦艦は撃沈するのだった。
その一方で、首謀者らしき男はまだ生き延びていた……。
『第３４話 “Dirty Heart”』
アルトマーレ防衛戦線、その最終局面。
攻撃の首謀者は、なんと平行世界のラティオスだった。
姿を隠して心の雫を盗みとったがために、まだ街の上空にある大量の海水と戦艦の残骸をコントロールしている最中だった治水装置の出力が弱まってしまった。
このままでは治水装置の動力になっているレイナの負担が限界に達するだけでなく、街は海水に飲まれ、残骸に押し潰されてしまうだろう。
ウェルズとグランは敵を追いかけ、時空間へと突入する。
すべてはレイナとアルトマーレを守るために。
『最終話 “Beyond The Destiny”』
これは特別な話ではない。
人と違うせいで孤独を歩き続けた少女が、仲間と出会い、居場所を見つける物語だ。